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다주택자에 대한 양도소득세 중과유예 제도가 종료되는 오는 5월 9일까지 토지거래허가를 신청하기만 해도 중과세 적용에서 제외되는 보완 방안이 마련됐습니다.

정부는 9일 관계부처 합동 보도자료를 통해 이 같은 내용을 담은 ‘다주택 양도소득세 중과유예 종료 보완방안’을 발표했습니다. 이에 따라 다주택자가 보유한 조정대상지역 주택의 양도세 중과유예는 당초 계획대로 2026년 5월 9일 종료되지만, 해당일까지 토지거래허가를 신청한 경우에는 중과세 적용을 받지 않게 됩니다.

구체적으로 5월 9일까지 시·군·구청에 토지거래허가를 신청한 뒤 허가를 받아 매매계약을 체결하고, 이후 일정 기간 내 양도를 완료하면 중과세가 배제됩니다. 기존 조정대상지역인 서울 강남·서초·송파·용산구는 4개월 이내인 9월 9일까지, 지난해 10월 신규 지정된 조정대상지역은 6개월 이내인 11월 9일까지 양도를 마쳐야 합니다.

정부는 앞서 지난 2월 중과유예 종료 방안을 발표하면서 ‘5월 9일까지 잔금 지급’ 요건을 ‘계약 체결 및 계약금 지급 확인’으로 완화한 바 있습니다. 이번 조치로 기준이 ‘계약’에서 ‘토지거래허가 신청’으로 한 단계 더 완화된 셈입니다.

정부 관계자는 “토지거래허가 신청 증가와 지역별 허가 처리 시차, 시·군·구청의 심사 기간(약 15영업일) 등을 고려할 때 4월 중순 이후 신청 건은 5월 초까지 허가 여부가 불확실한 점을 반영한 것”이라고 설명했습니다.

다만 일각에서는 불과 두 달 사이 기준이 잇따라 변경되면서 부동산 시장에 혼란을 초래한다는 지적도 제기됩니다. 한 부동산 전문가는 “토지거래허가제 시행 이후 심사 불확실성은 충분히 예측 가능했음에도 정책이 뒤늦게 보완됐다”며 “매각 일정을 세운 실수요자에 대한 배려가 부족했다”고 비판했습니다. 또한 여러 부처가 논의에 참여하는 과정에서 정책 비효율이 발생한다는 지적도 나오고 있습니다.

한편 재정경제부와 국토교통부는 관련 소득세법 시행령과 부동산거래신고법 시행령 개정안을 입법예고한 뒤 국무회의 심의를 거쳐 이달 중 공포·시행할 예정입니다.