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병원경영지원회사(MSO)가 환자로부터 직접 의료비를 받아 세금계산서를 발행하는 것은 위법이라는 법원 판단이 나왔습니다. MSO는 병원에 인력 관리, 경영 컨설팅, 마케팅 등 운영에 필요한 서비스를 제공하는 업체입니다. 
   
28일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정8부는 A씨가 강남세무서장을 상대로 "종합소득세 등 부과 처분을 취소하라"며 낸 소송을 최근 원고 패소로 판결했습니다. 

의사인 A씨는 MSO 두 곳과 계약해 병원을 운영했습니다. 
   
A씨와 계약한 MSO들은 환자로부터 직접 의료대금을 받아 매출세금계산서나 현금영수증을 발행했습니다. 
이후 여기에서 병원관리용역과 결제대행 수수료를 공제한 금액을 A씨에게 줬고, A씨는 이에 대한 매출세금계산서를 발행했습니다. 

세무 당국은 2019년 12월 A씨에 대한 세무조사 결과 해당 MSO들을 신용카드 위장가맹점으로 보고 A씨에게 2016~2018년분 부가가치세와 종합소득세 총 7억2천만여원을 경정 고지했습니다.  통상적으로 소득을 축소해 세금을 탈루하기 위해 이용되는 '위장가맹점'으로 MSO들을 활용했다는 취지입니다. 
   
조세심판원의 경정 결정을 거쳐 세액은 5억여원으로 줄었으나 A씨는 "정부가 MSO 제도 도입을 권고함에 따라 적법하게 계약하고 그에 부합한 세무 처리를 했다"며 불복 소송을 냈습니다. 

하지만 재판부는 "A씨가 허위 세금계산서를 발행했다"며 세무 당국의 손을 들어줬습니다. 
   
재판부는 실제로 이런 과정을 통해 A씨가 내야 할 세액이 줄어들었는지 여부를 판단하지는 않았습니다. 
   
다만 세액에 영향이 있는지를 떠나 이는 허위 세금계산서인 만큼 위법하다고 봤습니다. 
   
재판부는 우선 MSO가 의료기관이 아닌 만큼 환자에게 직접 의료행위를 할 수 없고, A씨와 거래한 MSO들도 병원 관리나 결제대행 용역을 제공했을 뿐이라고 짚었습니다. 
   
그러면서 "A씨는 환자들로부터 의료비를 직접 받아 세금계산서를 발행한 후 자신의 매출로 세무 처리하고, MSO들은 A씨로부터 병원 관리 및 결제대행 용역대금을 받아 A씨에게 이에 대한 세금계산서를 발행했어야 한다"고 지적했습니다.